Acelera Brasil propone una estrategia de intervención para corregir el flujo no solo en la dimensión pedagógica, sino también en la gestión de los centros educativos, combinando formación, planificación, ejecución sistemática, seguimiento y evaluación. 

El modelo pedagógico se basa en una evaluación diagnóstica que permite establecer el nivel de alfabetización de los estudiantes con distorsión de edad-grado. A partir de los resultados, los estudiantes son categorizados según el nivel de aprendizaje y les son asignados  diversos apoyos ofrecidos por Acelera Brasil. El Instituto Ayrton Senna establece un período ideal de cuatro años para que el índice de distorsión por edad-grado disminuya hasta alcanzar un nivel máximo de 5%. 

Las clases tienen un máximo de 25 alumnos y son monitoreadas durante un año por profesores especialmente capacitados para trabajar con la metodología del programa. Cada alumno recibe material didáctico estructurado en clases multidisciplinares, que exploran el contenido de todas las áreas del conocimiento. La relación entre el profesor y sus alumnos se basa en valores y habilidades como la motivación, la curiosidad, el respeto, la determinación y la superación de dificultades.